藥局如專營藥品調劑、供應業務，未兼營藥品或其他貨物銷售業務者，免辦營業登記，惟應按其收入核定主持藥師的執行業務所得，依法課徵綜合所得稅。另藥局除專營藥品調劑、供應業務外，如兼營藥品或其他貨物銷售業務者，應依法辦理營業登記，又每月營業額超過新臺幣20萬元，則需開立統一發票。有關藥品調劑、供應業務，依規定免徵營業稅者，應保存醫師處方箋及帳載等相關證明文件與資料，以供稽徵機關查核，否則仍應依法課徵營業稅及營利事業所得稅。